基于天然抗菌小分子肽具有抗细菌、真菌、病毒和肿瘤细胞的作用，而且这些肽具有不破坏人体正常细胞的特殊物质和优点，因而抗菌小分子肽在医学、药学、食品、动物和植物基因技术等领域具有很大的实用价值和开发前景。不同种类抗菌小分子肽具有的抗菌活性和抗菌菌谱既有相似之处，也有很大的不同。
（一）抗菌小分子肽在制药方面的应用
人类从20世纪80年代发现抗菌小分子肽以来，到目前已发现的抗菌小分子肽多达800多种，其中有几十种抗菌小分子肽已进入临床前或临床试验阶段，有一部分抗菌小分子肽已经在临床应用中取得了很好的效果而且没有发现明显的毒副作用。我们很乐观的期待，抗菌小分子肽在药物方法的大量应用将带来人类抗生素领域的大变革，并将给人类带来更多的福祉。
抗菌小分子肽能否被应用于药物和以何种形式补应用用药物取决于抗菌肽的特性和功效，而发现和验证这些功效与毒副作用取决于人类对抗菌肽的不断深入研究和不间断的科研投入。不管是来源于人类，还是来源于病毒、细菌、植物、非脊椎动物或脊椎动物的抗菌小分子肽都好像有一个共同的结构特征，这种共同的特征决定了抗菌小分子肽抗菌活性。科研工作者可以根据这些结构特征来合成更多的小分子肽，以应用于药物开发和临床实验。当下，抗菌小分子肽在医药临床中的应用主要有以下几种方式：1、作为单一抗感染药物；2、与传统抗生素联合应用发挥协同效应；3、作为免疫刺激物增强机体的先天性免疫能力；4、作为内毒素中和物质减轻细菌毒素引起的败血症性休克。
当下，人类使用抗菌小分子肽作为单一治疗性的抗菌药物已经取得了很好的临床效果；因为抗菌小分子肽具有广谱抗微生物活性，所以抑菌肽可以应用于治疗严重病毒感染；抑菌肽作为中和内毒素的物质来辅助传统抗生素的治疗也取得了很好的应用。
（二）抗菌小分子肽在其他领域中的应用
抗菌小分子肽不仅可以应用在医药方面，在食品加工领域，抗菌肽可以替代目前的防腐剂，大量减少有害防腐剂的使用，如乳酸链球菌肽已开始用于食品储藏。
不单是人类，在动植物养殖中也经常要使用抗生素，但由于动植物摄入的抗生素最终会以“食物”的方式进入人体，导致人类间节摄入了大量抗生素，影响了人类的健康，因而通过肽类抑菌产品的使用，减少甚至替代目前抗生素的使用，对人类生命健康的意义是非常巨大的。此外还可以，应用转基因技术，可将强效抗菌小分子肽基因转入植物或动物体内来增强其抗病能力。
最后做个总结：抗菌小分子肽在自然界中是广泛存在的，人类在研究抗菌小分子肽时不断得发现了“冰山一角”——发现了抗菌小分子肽的大家族。目前的研究发现抗菌小分子肽的活性是多样化的，很多抑菌小分子肽都表现出了广谱性，它们不仅具有广谱抗细菌的特性，对病毒、真菌、原虫和癌细胞也有不错的伤能力，抗菌肽的更多生物活性随着研究的不断深入一直被发现。最可喜的是，抗菌小分子肽对健康的真核细胞几乎没有作用，仅作用于原核细胞和发生病变的真核细胞。
抗菌小分子肽以其不同于传统抗生素的抗菌特性引起了科学界和医学界的广泛关注，尽管已经有一些抗菌小分子肽进入了临床阶段，但是作为一类新型抗生素的安全性和效效性还需要更多的研究，并且在解决生产成本和批量化生产方面还需要更多的优化。可喜的是，目前来源于食材中的小分子肽——通过酶解技术得到的小分子肽已经被广泛应用到营养保健和特殊医疗法食品当中，它们在激活人体自身免疫功能对抗细菌和毒素的过程中已经发挥出来了巨大的作用，相信随着抗菌肽科研的进一步深入和生产工艺的不断完善，抗菌小分子肽会越来越多的造福于人类。
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