自体免疫性疾病是人体免疫系统攻击自身组织造成的，而它的发病部位是人体的“指挥中心”——神经系统。这就是多发性硬化症（Multiple Sclerosis），英文简称MS。“渐冻人”、“瓷娃娃”是大众比较熟知的罕见病，相比这些，多发性硬化症这个罕见病却一直不为人们所熟悉。MS是一种极其罕见的疾病，主要损害脊髓、大脑以及视神经。"硬化"的意思是结疤，"多发"是指神经系统的多个部位受到累及，会因神经损伤导致疤痕形成。
间充质干细胞对血液中T细胞和B细胞的影响。治疗结果显示间充质干细胞的治疗后调节性B细胞(B reg)亚群增加。
干细胞实验室对6例MS患者进行了间充质干细胞治疗，并进行了2年的随访追踪，显示出患者的神经功能得到改善，视觉障碍，手臂、腿或脸部麻木刺痛，疲劳、肌肉无力和痉挛等明显好转。表面间充质干细胞治疗MS是可行和有效的。
干细胞细胞用来修复神经损伤，主要通过以下机制:
(1)新生效应:间充质干细胞可以分化成血管内皮细胞和神经细胞，有利于修复神经和血管组织；
(2)诱导效应:间充质干细胞可以诱导神经干细胞分化成神经元，增加神经元的存活率及分化；
(3)营养作用:间充质干细胞可以分泌一些因子，如脑源性的神经营养因子、白细胞介素和转化生长因子b1。这些因素有利于调节神经元存活、轴突生长和突触重塑；
(4)桥接作用:间充质干细胞可以为宿主轴突提供连接通道形成新的突触连接.
相信随着科研的不断深入，干细胞的调节免疫特性，将为更多自体免疫性疾病患者带去治愈的希望。
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