人体内的内源肽缺乏可引起免疫功能低下，由于免疫功能低下，身体呈现不抵抗状态，感冒病毒乘虚而入，并发感染，特别是流行性感冒并发的感染，病情十分严重，死亡率也很高。随着现代免疫学的进展，人们对肽与免疫的关系逐步得到充分认识。人体中的肽不足可造成免疫器官发育不全、萎缩，对细胞免疫、体液免疫、补体功能和吞噬作用等方面都有着重要影响。
人体肽缺乏时机体免疫就会发生变化。人体缺乏肽，造成营养不良，原因有两种：
（1）原发性的营养不良。由于食物蛋白质含量少或蛋白质质量差，人体消化降解后，获得的小肽蛋白少，小肽中所含的各种营养素缺乏。
（2）继发性的营养不良。人体降解蛋白质，也就是消化蛋白质的能力差，吸收也差，也就是说继发于一些疾病，引起体内合成肽的能力差，吸收差，利用不当，或排出过多所致。
肽营养不良是比较严重的营养缺乏症，表现出消瘦型、水肿型、疲劳型。临床表现：
（1）消瘦型，体重严重减轻，皮下组织消失，全身肌肉严重损耗，形同骷髅。
（2）水肿型，特征为水肿，肌肉消瘦，脾大，肝大，肝功能减退，抵抗力低，细菌感染发病率和死亡率增加。
（3）疲劳型，表现为乏困，睡眠不好，精神恍惚，胸闷，气短，浑身不舒服等。
一般来说，肽营养不良人群的免疫功能低于正常水平。具体体现为以下几点：
1、胸腺和淋巴结：多肽营养不良时首先受害的器官和组织是胸腺和淋巴组织。胸腺体积缩小，重量减轻，皮质和髓质界限不清，细胞数目减少。脾脏和淋巴结的大小、重量、组织结构、细胞密度和成分也都有明显的退行性改变。如果伴有感染，淋巴组织则进一步萎缩。实验证明当给多肽营养缺乏的动物补充肽营养后，胸腺组织能恢复正常。
2、细胞免疫：细胞免疫是指T淋巴细胞导致生成的免疫力。多肽营养缺乏时，胸腺等组织萎缩，T细胞的生长受到影响。细胞免疫功能下降不仅表现为T细胞数量减少，而且机能也发生障碍。
3、体液免疫：体液免疫是指内B淋巴细胞导致的免疫。人体缺乏肽蛋白营养时，外周血中B细胞的数量几乎无变化。功能实验表明无论肽营养的障碍的程度如何，血清的浓度正常或略高，尤其是伴有感染时略高，在缺乏肽时免疫球蛋白的产生受影响较少，因而对抗体的防御机能有着重要意义。
4、补体系统：补体有促进免疫应答的作用，包括对调理作用、免疫附着、吞噬作用、白细胞的化学趋化作用和中和病毒作用的影响。肽蛋白营养缺乏时总补体及补体C3处于临界水平或下降，活性降低，这是由于补体的合成速率降低，当感染引起抗原体结合时补体的消耗增加。
5、吞噬细胞：严重肽蛋白营养缺乏者，嗜中性白细胞总数不变，但其功能不变。细胞的趋化性正常或略减慢，吞噬活动正常，只是对细胞内吞入的微生物的杀伤能力减弱。如果及时补充肽，一两周后吞噬细胞功能可逐渐恢复。
6、其他免疫系统：多肽活性营养缺乏时某些非特异性防御能力也有显著变化，如血浆，眼泪，唾液及其他分泌物中溶菌酶活性降低，粘膜上皮细胞组织变形，粘膜补获和纤毛运动改变，干扰素生成减少等，都可影响宿主的易感染性。
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