小分子活性肽能促进钙的吸收和利用。小分子活性肽的发现为提高钙的吸收效率开辟了一条新的途径。
大量的研究均证实，小分子活性肽可阻止小肠内磷酸钙沉淀的形成，从而促进小肠对钙的吸收。众所周知，维生素D常常作为钙吸收促进剂，因为维生素D可促进钙在小肠上段的主动吸收过程。在小肠下段，钙的吸收主要是被动扩散，其吸收效率取决于小肠内游离的钙离子浓度。人类日常膳食中，谷类等植物性食物中含有大量的植物酸等高磷成分，它们在小肠下段pH 7、8的环境下很容易与钙结合成磷酸钙沉淀，从而阻碍钙离子的被动吸收。小分子活性肽能抑制磷酸钙沉淀的形成，使游离钙保持较高的浓度，促进钙的被动吸收，从另一个途径提高钙的吸收率。
此外，小分子活性肽还具有促进骨骼对钙的利用的作用。将切除卵巢的大鼠作为绝经期后骨丢失的动物模型，然后在大鼠饲料中加入小分子活性肽喂养17周后，发现大鼠的股骨矿物质密度没有变化，而对照组中大鼠的骨密度则迅速下降。另外，在大鼠的股骨上安装一种能引起骨丢失的装置，然后将大鼠分成饲料中加小分子活性肽的实验组和不加小分子活性肽的对照组，喂养14d后，对照组大鼠股骨骨量比小分子活性肽组明显减少。分析认为这可能是由于小分子活性肽促进了钙的吸收和利用从而间接减弱破骨细胞作用及抑制骨吸收所致。
大量研究表明小分子肽改善骨密度的现象是普遍存在的，目前常用的用于改善骨密度的小分子肽类有大豆肽、酪蛋白磷酸肽、海洋鱼肽、牛骨胶蛋白肽等
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