小分子肽和小分子活性肽差别在活性两字上，一般认为小分子肽是有活性的，所以也就称为小分子活性肽，此名字的重点在于“小分子”，先说蛋白质是由氨基酸组成的：
一般是大于50个或者100个氨基酸的为蛋白质，
11-50个氨基酸的为多肽，
2-10个氨基酸的为低聚肽，也就是小分子肽，
按氨基酸平均分子质量为128，考虑到缩去一分子水，所以估算含多少氨基酸时按照110计算，所以2-10个氨基酸的一般就低于1100 Da，所以现在市面上宣传的小分子肽一般是分子量低于1000Da。
但是为什么说小分子肽要好呢？这就得从蛋白质的吸收机制说起，曾经认为蛋白质完全是以氨基酸的形式吸收，随着研究不断的深入发现，蛋白质也能以小分子肽的形式吸收，约有1/3的是以氨基酸的形式，约2/3是以小分子肽的形式被吸收，某些蛋白质或者多肽经过胃肠的消化酶消化后，会降解生产一些活性的小分子，从而使得活性增强。
目前小分子肽吸收转运机制研究表明，二肽、三肽是能直接被吸收的，更大的肽，有可能直接吸收，也有可能进一步降解被吸收，目前研究还仅局限于部分的肽，因为人体有20中氨基酸，就小分子肽而言有太多的氨基酸排列组合，不可能每一种肽都有研究，据目前已有的研究结果可以看出，想对于大分子而言，小分子肽更容易吸收，同时由于同氨基酸吸收转运机制的不同，使得小分子肽的吸收的速度更快，消耗的能量更少，所以在消化吸收及利用率方面就具有了很大的优势，这些也都被众多的实验和研究以及人体试服所证明。
实践出真知，如同现在的中药一样，我们无法完全阐明里面它里面所含有的每一个成分，以及每一个成分的具体作用机制，但这并不影响我们使用中药用于日常保健和治疗，说到这里，想到其实这就是西医和中医的根本区别所在，从西医的角度来讲，我们要去研究中药的化学成分，每个成分的药理作用，在体内吸收、代谢、分布的规律，从而找到好的活性单体，用于西药的开发，例如已开发成功的青蒿素。从中医的角度来说，我们了解中药的四气五味、归经、升降沉浮、功能主治、配伍等，结合中医辩证进行整体的使用治疗。
小分子肽更像一个中西医结合的医生，肽来源于西方的概念，又具有中药的某些特定，目前多肽类药物的研发不断加大，投入市场的多肽药物不断增加，临床效果显著并取得了不错的经济效益，可以从酶解后的小分子肽中开发一些高活性或功能强的肽类药物，同时由于市面上的小分子肽多是不同来源的蛋白质酶解获得，含有1300甚至更多的肽段，每个肽段的结构不同，功能各不相同，所以使得小分子肽整体上具有多种功效，为什么说小分子肽比蛋白粉效果好呢？肽比蛋白粉的优势在哪里。
注：肽并非药物，不能替代药物
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