目前为止，干细胞移植治疗尚未导致重大的副作用或不良反应。但任何一种疗法都可能会有副作用任何的医疗操作都存在着一定的危险，干细胞移植手术也一样。有的病人干细胞移植术后，可能会出现短暂的发热等反应，未发现明显的副作用。
骨髓移植之前所使用的调理疗方常导致掉发、食欲不振、口干、恶心、呕吐、口腔溃疡、腹泻，以及感染的风险增加。这些副作用大多可通过药物来处理。在干细胞植入期间，接受者的免疫系统是被抑制的，因此必须非常谨慎照护，防止接受者遭到感染；抗生素、抗病毒药物、以及抗霉菌的药物治疗皆是标准照护的一部分。正因如此，为使病患能被密集地受到照护，病患在干细胞植入期间通常是要住院的。在此期间，病患将无法制造红血球和血小板，且可能需要接受支持性输血来补充。在移植之后常会感到疲倦好几个月。
异体移植（而非自体移植） 另一个重要且有潜在严重后果的是产生移植物对抗宿主疾病（GVHD）。自有血缘关系者接受异体移植的病患当中，有20-50%会产生GVHD。自无血缘关系者接受异体移植的病患有更高比例会产生GVHD。GVHD乃T细胞（白血球的一种）引起。T细胞已设定程序可辨识哪些是属于自己、哪些不是。当它们侦测到对自己而言是外来者的时候，会警示免疫系统来摧毁此外来者。当捐赠者的细胞移植进入接受者体内时，也包含了一些捐赠者的T细胞。这些捐赠者T细胞会将病患（接受者）的器官和组织视为外来物，并警示免疫系统来攻击病患（接受者）的器官和组织。由于GVHD在异体移植是相对常见的，因此医疗团队会更密切注意病患这方面的问题；然而，有时这些症状会直到病患接受移植自医院返家后才发生。
移植物对抗宿主疾病（GVHD）有两种：急性GVHD和慢性GVHD。病患可能遭遇其中的一种，或两者都发生，或是两者皆未发生。急性GVHD通常在移植后3个月内发生。开始的症状通常是病患背部、腹部、或手脚有轻微或不明显的皮疹；皮疹会扩散开来，最后就像晒伤一样剥落或起水泡。急性GVHD可能导致胃痛和腹痛、呕吐、抽筋、恶心，以及水样或血性腹泻。也可能影响肝脏，有时会导致口腔溃疡。为减少发生急性GVHD的风险，通常会给病患很强的免疫抑制药物，例如合并环孢素和甲氨蝶呤、或合并他克莫司和甲氨蝶呤，或是合并环孢素和吗替麦考酚酸酯使用。通常也会加上强的松。
如果病患产生慢性GVHD，通常是在移植后3-18个月内发生。如果病患曾发生急性GVHD，则发生慢性GVHD的风险最高。慢性GVHD可能持续几个月甚或几年，且会影响身体许多器官，但通常是影响口腔、皮肤、眼睛和/或肺部。控制慢性GVHD最常使用的药物是环孢灵、强的松、吗替麦考酚酸酯和雷帕霉素。另外也会视被攻击的组织为何来做额外的处方治疗。使用这些免疫抑制药物会导致移植病患受感染的风险增加，因此病患必须谨慎监控自己的症状并保持高度的警觉性。
干细胞移植治疗尚未导致重大的副作用或不良反应。但任何一种疗法都可能会有副作用，所以无法肯定副作用不会发生，但是直到现在，都还未发现什么严重的副作用。仅有个别病人在腰穿后产生穿刺部位疼痛，轻微头昏、头痛及低度发热等。
帕金森病因是因为脑部细胞组织发生病变死亡导致的脑神经中枢病变，失去其中枢作用导致四肢不能自控的抖动、肌肉僵硬。而干细胞是具有自我更新和多向分化的能力，可以在特定的环境下分化为特定的功能细胞，可以用来修复各种细胞损伤性疾病，当然包括神经细胞损伤，退化和病理性改变。干细胞治疗帕金森主要通过移植干细胞替代衰老或死亡的脑细胞，恢复脑神经功能，提高大脑认知功能，为帕金森症患者提供了较好的治疗方法，改善了病人的生活质量。
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